清朝是中国历史上的最后一个封建王朝，处于由王朝中国到近代中国转变的特殊历史时期，经历了由“天下一家”的中央帝国融入近代国际关系体系的历史进程，故其边疆概念、经营策略、管理模式，也经历了一个由传统到近代的转变。具体到对西北边疆的治理，前后经历了由传统的西域经营到新疆建省的两种不同治理模式的转变。
清起于边陲，是一个由少数民族建立的政权，有其自身的特点，然其入关代明，以“正统”自居，以建“大一统”之功为己任，继承了传统中国的制度与理念。清朝又是中国历史上的最后一个封建王朝，处于由王朝中国到近代中国转变的特殊历史时期，经历了由“天下一家”的中央帝国融入近代国际关系体系的历史进程，故其边疆概念、经营策略、管理模式，也经历了一个由传统到近代的转变。具体到对西北边疆的治理，前后经历了由传统的西域经营到新疆建省的两种不同治理模式的转变。
一、清朝统一西域
清朝肇兴于东北，在其入关前已统一漠南蒙古，而漠北蒙古喀尔喀诸部也向清进九白之贡，与西蒙古卫拉特诸部同为清的“朝贡之国”。清入关后，即以宗主视天下，反复强调：“今天下一家，虽远方异域亦不殊视”，“我朝肇基东海之滨，统一诸国，君临天下，所承之统，尧舜以来中外一家之统也；所用之人，大小文武，中外一家之人也；所行之政，礼乐征伐，中外一家之政也。内而直隶各省臣民，外而蒙古极边诸部落，以及海澨山陬，梯航纳贡，异域遐方，莫不尊亲，奉以为主。”清朝继续了中国传统的疆域观，在稳定内地的同时，积极致力于边疆的统一。
(一)平定准噶尔
清朝前期的西域基本上处于准噶尔汗国的统治之下。准噶尔是西蒙古卫拉特诸部之一。卫拉特蒙古的先祖可上溯至蒙元时代的斡亦剌(斡亦剌惕、猥剌、外剌、外剌歹、歪剌歹)，明代文献作瓦剌，清作卫拉特，皆蒙古语Oyirad之音译。明清之际，卫拉特有准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特、辉特等部，并游牧于天山以北的草原地区。其中准噶尔实力渐强，称雄卫拉特诸部。至噶尔丹长准噶尔，遂兼并天山及其以北地区的卫拉特诸部，“胁诸卫拉特奉其令”。此后噶尔丹吞并天山以南的叶尔羌汗国；又向西扩张，征服哈萨克、吉利吉思等部，势力远及撒马尔罕、布哈拉等地，建立起称雄中亚的草原游牧帝国。
早在清朝入关前的皇太极时期，就与卫拉特建立了联系。此后卫拉特不断向清朝遣使通好。康熙十年(1671年)，噶尔丹取得准噶尔统治权后，即向清朝政府上书，“请亦准照常遣使进贡”。康熙二十一年(1682年)，清朝赐卫拉特噶尔丹博硕克图汗敕曰：“尔噶尔丹博硕克图汗，自尔父兄历世相承，虔修礼好，敬贡有年，延及尔身，笃尽悃忱，往来不绝，殊为可嘉。”然至康熙二十七年(1688年)噶尔丹亲率三万大军，东逾杭爱山，发动了对漠北喀尔喀蒙古的战争。喀尔喀仓猝迎战，不敌军溃，遂举部内迁。噶尔丹骤得漠北草原，骄横不可一世，竟紧追不放，侵入漠南，直接与清朝政府发生军事冲突，遂发展成为一场与清政府之间的大规模战争。在清康熙帝的“御驾亲征”下，噶尔丹一挫于乌兰布通(今内蒙古克什克腾旗境内)，失却了攻击的锐气；再惨败于昭莫多(今蒙古乌兰巴托南宗莫德)，根本上丧失了抵抗力量。此后，噶尔丹率残部流窜于塔米尔河流域一带，“困穷已极，糗粮庐帐皆无，四向已无去路”，于康熙三十六年(1697年)病死于阿察阿穆塔台地方。
噶尔丹败亡后，其侄策妄阿拉布坦成为准噶尔汗国首领，与清朝保持着相对和平的关系，社会稳定，经济发展。然随着实力的恢复与增长，策妄阿拉布坦加强了对外的扩张与征服，清朝、准噶尔之间的冲突不断升级，关系日渐紧张。康熙五十五年(1716年)十月，策妄阿拉布坦又遣军侵入西藏，于翌年十月底攻占拉萨。准噶尔侵藏严重威胁到清朝在青藏地区乃至整个西部和北部边疆的统治，清朝遂决定“驱准保藏”，至康熙五十九年(1720年)，将准噶尔军队逐出拉萨。雍正初年，清无暇亦无力用兵边疆。雍正五年(1727年)，策妄阿拉布坦卒，其子噶尔丹策零继立，清准关系进一步恶化，清廷遂有兴兵之议。然事与愿违，清军首战即挫，后双方互有胜负，最终以和谈划界结束了对抗。康、雍时期对西域的经营，加强了清朝与西域的政治、经济联系，推进了清朝对西域的统一，为以后乾隆朝彻底解决准噶尔问题、统一西域奠定基础。
噶尔丹策零卒后，准噶尔汗国因统治集团的内讧而陷于动乱之中。准噶尔贵族达瓦齐在辉特部贵族阿睦尔撒纳配合下，以武力夺取准噶尔汗国最高领导权。随后达瓦齐、阿睦尔撒纳之间又燃烽火。准噶尔汗国连年的内乱与构兵，给包括卫拉特诸部在内的西域各族人民带来了沉重的灾难。卫拉特各部人民及一些在斗争中失势的封建领主纷纷归附清朝。卫拉特诸部部众的内附不但说明了准噶尔汗国统治者已陷于众叛亲离的危局，而且也反映了各部人民对战乱的厌倦与对安定和平安的渴望。处于全盛时期的清王朝一直在密切注视着准噶尔事态的发展变化，认为彻底解决准噶尔问题、统一西域的时机已经来临。乾隆帝明确指出：“(准噶尔)数年以来，内乱相寻，又与哈萨克为难，此正可乘之机。……朕意机不可失，明岁拟欲两路进兵，直抵伊犁，即将车凌等分驻游牧，众建以分其势。”同年七月，在与达瓦齐争战中失败的阿睦尔撒纳降清，多次请求清廷从速出兵消灭达瓦齐政权，并主动表示愿为清军先锋。这无疑促使清政府加速了实施其战略计划的步伐。乾隆二十年(1755)二月，清朝师出两路，远征达瓦齐：北路军出乌里雅苏台，西路军出巴里坤，相约会师于博罗塔拉河。降清准噶尔贵族“建其旧纛先进，各部落望风崩角”，纷纷归附。五月，两路清军会师博罗塔拉，达瓦齐被俘，准噶尔政权瓦解。
阿睦尔撒纳降清，原是企图利用清朝威力达到他取达瓦齐而代之的目的。然而清廷在消灭达瓦齐政权后，即依“众建以分其势”的既定方针，“将卫拉特分封四汗”，阿睦尔撒纳仅得为四汗之一的辉特汗，政治图谋落空。他于是趁清朝在天山之北尚未完全站稳之际，招纳降人，阴结同党，抢占地盘，扩充实力，在当年八月便公开叛清。当时清军因粮草短缺，大部业已撤回，清军遂失去对巴里坤以西广大天山北路的控制，但是阿睦尔撒纳亦不能号令诸部，天山北路遂再度陷于动乱之中。阿睦尔撒纳叛乱后，清廷立即重封卫拉特四部，争取卫拉特四部领主、部众的归服与支持。与此同时，清政府也积极筹划再征伊犁，平定叛乱。乾隆二十一年(1756)二月，清军再次两路西征，直指伊犁。新封卫拉特四部台吉、宰桑从军助战，而胁从叛乱的各部领主也相继迎降。清军以摧枯拉朽之势，于三月挺进伊犁。阿睦尔撒纳无力抵抗，仓惶逃遁。经过清军一年有余的追击、围剿，阿睦尔撒纳走投无路，于乾隆二十二年(1757)夏窜逃哈萨克，继由那里北逃，投奔沙俄，终于九月患天花而亡。至此，准噶尔完全平定。
(二)统一回部
天山以南地区，清文献作天山南路；因其居民以今维吾尔族等穆斯林民族为主体，又称为“回回”或“回部”。元代以降，这一地区处于成吉思汗次子察合台的后裔统治之下，至16世纪演化为叶尔羌汗国，18世纪后期为准噶尔噶尔丹征服。
关于这一地区被噶尔丹征服后的历史，由于相关史料缺乏，学术界长期以来受到察合台语文献《和卓传》英文节译本的影响。这是一部有关西域伊斯兰教派势力和卓们的传记，于18世纪后期用维吾尔语察合台文写成，有多种抄本传世。19世纪末R。肖将其节译成英文，伊莱亚斯为之写了长篇的导论和注释，于1897年作为《孟加拉亚洲学会学报》附刊发表，得以广泛流传，成为不少学者研究西域和卓家族史的主要资料。但是《和卓传》作为一部圣者传，它具有浓厚的宗教迷信色彩，充满了圣者的“奇迹”，材料多来自传闻，常与史实不符。英文节译本不仅节去圣者大量的“奇迹”，而且也节去许多他认为有矛盾的原文，甚至径改原文，使本来还有些松散、模糊的《和卓传》的构架变得严整、清楚起来。而伊莱亚斯尽管做了很大的努力，不仅未能改变《和卓传》英文节译本的基本构架，反而给它涂了一层“科学”的色彩，把它引进严肃的历史科学领域。根据这部节译本的叙述，兴起于叶尔羌汗国的伊斯兰教派势力和卓家族是先知穆罕默德的后裔，他们分裂为黑山派和白山派两个对立的派别；准噶尔灭叶尔羌汗国之后，根据事先达成的协议，白山派和卓阿帕克成为塔里木盆地的汗；此后，白山派和卓与黑山派和卓继续斗争，相互交替，和卓家族始终统治着这一地区，直至大小和卓毙命，清朝统一西域。随着《和卓传》英文节译本的广泛传播，这一历史构架也被普遍接受。于是“伊斯兰神圣国家”或“和卓时代”这种结论性的术语也就出现于国外学者的历史论著中。
然而事实并非如此！噶尔丹征服叶尔羌汗汗国后，仍任命原叶尔羌汗室成员来管理这一地区，准噶尔汗廷仅每年收取定额贡赋，对其内部管理并不过问。至策妄阿拉布坦时期，准噶尔汗国加强了对天山南路的统治，直接任命各城阿奇木伯克、伊萨噶伯克等军政官吏，使这些地方官吏直接对准噶尔汗廷负责，同时还向天山南路各城派驻称作喀喇罕的准噶尔人，负责监督各城赋税的收缴，并监视各城社会、政治动态，直接参与、干涉当地内政管理。这种统治取消了察合台后王的汗统地位，基本上消除了作为世俗统治者的察合台后王的影响，结果更加突显了和卓这股宗教势力的影响。由于和卓的宗教影响力，策妄阿拉布坦为加强在天山南路的统治，对和卓家族采取了限制、利用的政策。同时，由于察合台后王退出政治舞台，蒙古分封体制不存，各地阿奇木伯克突起。当时天山南路各地的军政大权掌握在各城阿奇木等伯克手中，和卓只能利用宗教来影响、操纵政治。策妄阿拉布坦卒后，噶尔丹策零继续执行其父的既定政策，比较牢固地控制住天山以南地区。
清朝入关之初，即有“吐鲁番国苏鲁谭阿布伦木汉默德阿济汗遣都督马萨郎等进方物，兼请订进贡额例。”后天山南路为噶尔丹归并，处于准噶尔的统治之下。噶尔丹灭亡后，哈密封建主额贝都拉乘机脱离准噶尔，转附清朝。从此哈密成为清朝经营西域的枢纽和桥头堡，清朝进而与准噶尔争夺更西的吐鲁番地区。此后吐鲁番统治者额和卓等亦率部附清，于雍正三年(1725)移居瓜州。乾隆二十年(1755)清朝进军伊犁，不仅吐鲁番降清，塔里木盆的库车、拜城等亦纷纷归附，而乌什阿奇木伯克霍集斯更是擒达瓦齐以降。
清军在进军伊犁途中遇到了羁留在准噶尔的两个和卓兄弟，即原禁押在此的白山派和卓首领之子大和卓波罗泥都、小和卓霍集占。清廷此时对回部情况缺乏了解，以为他们“原系叶尔羌、喀什噶尔回部之长，羁留准噶尔为质。未经放回，情甚可悯。……即将伊派令前来入觐，至回营时，仍令复回原部”，“令其招降叶尔羌各处人众。”决定由小和卓霍集占留在伊犁，管理在这一地区耕地的回部民众，而将大和卓波罗泥都派往喀什噶尔等处招服回部。需要强调的是，当时不仅东部的哈密、吐鲁番早已归降清朝，而且在塔里木盆地东部的库车、拜城、乌什、阿克苏等城亦已归降，波罗泥都被往收附的只是喀什噶尔、叶尔羌等尚未最降清朝的地方，而不是整个塔里木盆地，更不是整个回部。当时占据乌什、阿克苏、拜城等地的霍集斯伯克倒是有统治整个回部地区的企图，“伊于解送达瓦齐时，阴求阿睦尔撒纳，俟招降叶尔羌、喀什噶尔后，令其总统各部”，对此，清朝认为“心殊叵测”。另外还需要指出的是，虽然和卓家族以前在天山以南地区政治事务中已经发挥了很大的作用，但是他们“系传授经教之人”，作为宗教领袖的身份没有变。大小和卓在这一地区的统治权是由清朝赋予的，并且能够控制这一地区，也是在清朝政治、军事力量的支持下完成的。
清朝企图利用和卓势力招附回部，然而事与愿违，和卓兄弟利用清朝在政治和军事上的支持，占据天山南路后，即杀害清使，举起反清自立的旗号。面对突变，清朝一面积极准备出兵平定，一面又寄希望于“晓谕招抚”，企图“不劳师旅”即能解决大小和卓问题。在这种努力失败后，才最终不得不以武力解决，于乾隆二十三年(1758)出兵天山南路。次年叛乱被平定，大小和卓就戮，清朝完成了对西域的统一。
二、清朝对西域的管理与统治
乾隆二十四年(1759年)，清朝平定准噶尔及大小和卓之乱，完成了对西域的统一。清政府明确宣布“准噶尔荡平，凡有旧游牧，皆我版图”，将包括天山南北、阿尔泰山东西，一直到帕米尔高原和巴尔喀什湖以东以南的广大西域地区置于清朝的有效统辖之下。清人以西域新归，又称新疆或西域新疆。
(一)清朝对西域的管理
清太祖努尔哈赤建国，创立军政合一的八旗制度，对满洲各部及陆续归降的蒙古、汉人实行八旗组织管理。至清太宗皇太极时，又增设蒙古八旗和汉军八旗。同时，开始依仿明制，改订中枢官制，建内三院和六部二院。入关后，清承明制，采用明朝行省、州、县行政体制，对广大内地(包括西南地区)实行直省统治。
清朝对北部和西部边疆民族地区实行的是不同于内地行省制的藩部管理模式。清朝所谓藩部，在地域范围上指内外蒙古、新疆和西藏，是相对于清朝直省统治的内地和东北而言。藩部与内地同属清朝版图，只是在管理模式上有所不同。清朝本着“因俗而治”的原则，对各藩部原有社会组织、职官制度加以改造、利用，将其纳入清朝行政体制中，并于中央设立与六部平行的理藩院来管理藩部事务。同时清廷又派出将军、都统、大臣等驻扎边疆地区，代表朝廷处理有关军政大事；藩部受驻防将军、大臣的节制，保证了清朝的有效统治。清朝的藩部统治模式始于对蒙古的统治。早在入关前，在统一蒙古的过程中，即依仿八旗组织形式，结合蒙古原有社会组织特点，对归附的蒙古各部进行编旗，每旗设扎萨克一人执政。扎萨克由清朝皇帝封授蒙古王公贵族充任，对本部的事务有较多的自主权，可世袭，但须由朝廷任命。同时推行盟会制度，由若干扎萨克旗组成一个盟。随着对漠北喀尔喀蒙古和青海蒙古的统一，清朝也把扎萨克旗管理模式推广到这些地区。
清朝在统一西域的进程中，开始将扎萨克旗制推行到天山南北。康熙三十六年(1697)哈密首领额贝都拉内附，清朝“诏以额贝都拉为一等扎萨克”，以其子“郭帕伯克为二等伯克，协理旗务”，次年“遗使赴哈密，编旗队，设管旗章京、参领、佐领、骁骑校各员”。后吐鲁番额敏和卓亦率众内附，为躲避准噶尔侵扰，清将其迁往瓜州，“乾隆十九年(1754)遣赴瓜州编旗队，置管旗章京、副管旗章京、参领、佐领、骁骑校各员，如哈密例”。准噶尔汗国末年内讧不断，乾隆十七年(1753)杜尔伯特部首领车凌、车凌乌巴什、车凌蒙克率部万余东投清朝，次年清廷分别封三人为亲王、郡王和贝勒，以其部属编设13个扎萨克旗，安置于乌里雅苏台游牧。乾隆十九年(1754)阿睦尔撒纳率部降清，被封亲王，部属亦编扎萨克旗安置。次年清军兵进伊犁，平达瓦齐政权。出兵前清廷已确定了“众建以分其势”的统治方针，平定后即“按其四部分封四汗”，分别管理，推行扎萨克旗制。后阿睦尔撒纳叛清，清廷在进行军事平叛的同时，即重封四部汗王及扎萨克，坚持实行扎萨克旗制。平定准噶尔后，以前迁往伏尔加河流域游牧的卫拉特土尔扈特部在其首领渥巴锡率领下东归。清朝对此非常重视，礼遇有加，封渥巴锡为汗，其余王公贵族为郡王、贝勒、贝子等爵，并对其部属编旗设盟，纳入藩部管理体系。
对于天山以南的回部，如前所述，清朝最初同样实行的是扎萨克旗制，先后在哈密、吐鲁番地区设立盟旗。但后来随着大小和卓的叛乱以及对回部社会了解的深入，清朝改变了这一既定政策。乾隆帝明确指示：“若平定叶尔羌、喀什噶尔，办理安插回众时，朕意不必用回人为总管。仍循其旧制，各城分设头目，统于驻扎伊犁之将军；再于库车、派大臣一员管理。”清朝统一西域前，回部各地存在着大小不等的各级伯克，负责管理生产、田亩、税赋及诉讼等事务。清朝统一后，本着“因俗而治”的原则，在这些地区沿用了旧有的伯克官职，并作了一定程度的改革，制定了一整套比较完整的伯克制度。清朝保留了伯克旧的一些特权，但废除了旧有的伯克世袭制，把各种伯克的任免权收清廷，同时为各级伯克制定品级，伯克纳入清朝官员系统。清朝在回部地区实行政教分离，在人事上实行回避制度，使之更加符合清朝统一边疆、治理边疆的需要。伯克制是清朝官制系统与当地实际情况相结合的产物，也是清朝藩部体系的重要内容。
清朝统一西域后，鉴于天山北路东部从巴里坤到乌鲁木齐沿天山北坡的广大地区人口稀少，陆续从河西、陇东各府县招募无业贫民，迁入巴里坤、乌鲁木齐等地屯住。而这些地区因长期驻防绿营官兵及其眷属，内地前来经商和服役的人数也不断增加，至乾隆末年，该地以汉、回族为主的农民已达20万左右。因此，这一地区在政治、经济、文化等方面都与内地有相同或相似。清朝根据这一实际情况，采取因地制宜的政策，在东部地区推行了和内地相同的府县制。初于巴里坤、乌鲁木齐设直隶厅管理移民事务。后随着移民人口的增加和耕地面积的扩大，改于巴里坤设镇西府，于乌鲁木齐设迪化直隶州；于乌鲁木齐设镇迪道，辖迪化州和镇西府。镇迪道在行政上隶属于陕甘总督，同时又受清驻当地军事长官节制。
为加强对西北边疆的统治，清朝在伊犁设立总统伊犁等处将军(简称伊犁将军)，统辖包括天山南北及巴尔喀什湖以东以南直到帕米尔的广大西域地区。清朝明确规定，“伊犁为新疆汇总之区，既经设立将军，凡乌鲁木齐、巴里坤所有满洲、索伦、察哈尔、绿旗官兵，皆听将军总统调遣。至回部与伊犂相通，自叶尔羌、喀什噶尔以至哈密等处，驻扎官兵亦归将军兼管。其地方事务有各处驻扎大臣仍照旧例办理。再，叶尔羌、喀什噶尔等回城，皆在边陲，如有应调伊犁官兵之处，亦准各处大臣咨商将军，就近调拨。”伊犁将军为当时新疆最高军事长官，兼管行政，统治天山南北。在伊犁将军下设立各级军政机构，在伊犁将军的节制下，听从中央政府的统一管理，对西北边疆的军政事务进行有效的管理。伊犁将军的设立及各级军政机构的建立，巩固了清朝统一西北的成果，维护了西北边疆的统一，促进了边疆秩序的稳定，有利于边疆的开发建设。
清朝以蒙古、新疆、西藏等边疆民族地区为藩部，是对中国传统边疆区域治理的继承与发展。作为清朝版图的重要组成部分，藩部与境外属国(即与清朝保持宗藩关系)或朝贡国有内外之别，二者之间有着本质的不同。而在施政管理方面，藩部又与内地直省存在着差异。清朝把藩部与直省行政区域区分开来，本着“因俗而治”、“分而治之”的原则，根据边疆民族地区的实际情况，采取与连续实际情况相适应的管理方式，并统之以理藩院和边疆驻防将军、大臣，建立起藩部管理体系。通过实行严格的封禁政策，清朝将直省与藩部隔离开来。藩部管理模式既有对中国传统边疆治理经验的继承和吸收，又有其创新与发展。它有利于清朝对边疆民族地区的有效统治，巩固并加强了边疆的稳定与统一，但是过于强调藩部特殊性，采用特殊的统治政策，也具有一定的消极影响。特别是民族隔离政策和封禁政策，阻碍了边疆与内地、边疆民族与内地民族及边疆之间的政治、经济、文化等多方面的交流，不利于边疆地区的建设和边疆民族的发展。